Yeni Malatyaspor'umuz, 1986 yılında Malatya Belediyespor olarak kurulmuş ve renkleri turuncu-yeşil olarak kabul edilmiştir. Malatya Belediyespor amatör kümeden 2 sezon içinde 2. Lig'e çıkarak büyük bir başarıya imza atmıştır. Bu başarıya önce 1997-1998 yılında 3. Lige yükselerek ardından bir sezon sonra 1998-1999 sezonunda 3. Lig'de şampiyon olarak 2.Lig'e çıkarak ulaşmıştır.

1999-2000 sezonunda 2. Lig'de grubunda sonuncu olup 3. Lig'e düşmüş, 2000-2001 sezonunda da 3. Lig'den Amatör Lig'e düşmüştür.

2006-2007 sezonunda Amatör Lig'den 3. Lig'e çıkan Malatya Belediyespor 2007-2008'de 3. Lig 1. Grup'ta averajla 2. olmuş ve 2. Lig'de oynamaya hak kazanmıştır. Aynı sezon, küme düşerek 3. Lig'e düşmüştür. 2009-2010 sezonunda Tek.Dir. Nihat Balan yönetiminde Play-offlarla tekrar ikinci lige çıkan Malatya Belediyespor, ismini Yeni Malatyaspor olarak değiştirmiştir. 12 Mayıs 2012 tarihli kongre ile adı Yeni Malatyaspor'dan Malatyaspor Futbol Kulübü'ne dönüştürülmüş, renkleri sarı-kırmızı kabul edilmiştir ama UEFA kriterleri nedeniyle isim değişikliği TFF tarafından onaylanmamıştır. Son olarak Yeni Malatyaspor ismiyle devam etmesine karar verilmiştir. Kulübümüzün resmi sitesinde belirtildiği üzere resmi renkleri sarı-siyah, üçüncü rengi kırmızı olarak beyan edilmiştir. 

Takımımız, 2014-15 sezonunda TFF 2.Lig Beyaz Grubu şampiyon olarak tamamlamış ve tarihinde ilk kez 1. Lig'e yükselmiştir. 2015-16 sezonu öncesinde Sunday Mba'yı kadromuza katarak, kulüp tarihindeki ilk yabancı futbolcu transferi gerçekleştirilmiştir. 

2016-2017 Sezonunda 1. Ligde 2. olarak Süper Lig'e yükseldi.